2034 год нашей эры. Прошло два года с тех пор как Мотоко Кусанаги, ушла из 9 отдела. Тогуса - теперь новый лидер команды, в которой теперь сильно увеличено количество персонала. Расширенный новый 9 отдел противостоит множеству сложных инцидентов, и исследования показывают, что отличный хакер, названный Кукольником - виновник всего ряда событий. Ряд интригующих инцидентов, которые лица 9 отдела постепенно соединяют почти мастерски. Кто - Кукольник? Что случится с отношениями Бато с Мотоко? Что в действительности стоит за этим тщательно