В центре сюжета находится начало захватывающей карьеры офицера Альянса по имени Джеймс Вега. Молодой и амбициозный, он присоединяется к элитному отряду спецназа в самом начале борьбы с загадочной угрозой, известной как Коллекционеры. Чувствуя на себе ответственность за безопасность галактики, Джеймс и его команда отправляются в отдалённую звёздную систему, где население колонии подвергается нападкам загадочных существ, стремящихся похитить людей. Служа в условиях крайней опасности, офицеры спецназа Альянса пытаются раскрыть тайны врагов и

Освободившись от своих обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги оказывается перед нелёгким выбором - научиться принимать приказы от Арамаки или идти в оппозицию. Тем временем, кто-то взламывает системы защиты госбезопасности, ставя под угрозу мир в целом. Чтобы предотвратить катастрофу, Бато обращается за помощью к бывшему офицеру военной разведки Исикаве и опытному эксперту по воздушной артиллерии Борме. Кусанаги, понимая всю серьёзность ситуации, собирает новый отряд 9-го отдела госбезопасности, в который входят снайпер Сайто и