Боевым пилотом робота серии «Евангелион» становится 14-летний Синдзи Икари - сын руководителя NERV Гэндо Икари. Молодой герой оказывается втянутым в вихрь событий, которые превращают его жизнь в настоящий кошмар. Тяжело переживая отдаление отца, Синдзи сталкивается не только с напряженной обстановкой вокруг себя, но и с самим собой, пытаясь найти место и свое предназначение в этом мире. Схожими проблемами страдают и другие юные пилоты, и взрослые сотрудники организации NERV. Скрывая истинный смысл проекта, начальство создает обстановку
Синдзи просыпается после долгой комы, в которую он попал, стремясь спасти Рэй из объятий Ангела. Он осознает, что с ним что-то не так: на его шее установлен ошейник, который не дает ему свободно двигаться. К тому же, его друзья - Мисато, Аска и другие пилоты, теперь стоят на стороне организации WILLE и сражаются против NERV. Оказывается, что прошло целых 14 лет после Третьего удара, но из-за загадочного "проклятия Евы" пилоты роботов остались подростками. Мисато утверждает, что Рэй уже не существует, но та появляется на новом боевом
Синдзи уже почти смирился с необходимостью управлять боевым роботом «Ева-01», когда он встречает новых девушек-пилотов. Мари и Аска - яркие представительницы разных стран, но обе полны решимости и энергии. Мари - загадочная британка, вызывающая интерес и уважение у всех вокруг. Аска, с ее огненным характером и непоколебимой уверенностью, становится настоящим противовесом Синдзи. Аска, совсем как Синдзи, переезжает жить к Мисато и начинает учиться в одном классе с ним и Рэй. Появление в NERV старого знакомого Мисато, Рёдзи Кадзи, только
Воздушный флот организации WILLE, состоящий из мощных Евангелионов, взмывает в небо для проведения парижской операции. Они сражаются с армией беспилотных роботов, защищая город от угрозы исчезновения. В ходе операции им удается активировать гигантский уплотнительный столб, который помогает восстановить разрушенный гетто и привлечь внимание к запчастям и боеприпасам для Евангелионов. Тем временем Синдзи, потерявший волю к жизни после потери Каору и провала Четвертого удара, начинает следовать за Аской и Рэй. Они попадают в Третью деревню, где