2034 год нашей эры. Прошло два года с тех пор как Мотоко Кусанаги, ушла из 9 отдела. Тогуса - теперь новый лидер команды, в которой теперь сильно увеличено количество персонала. Расширенный новый 9 отдел противостоит множеству сложных инцидентов, и исследования показывают, что отличный хакер, названный Кукольником - виновник всего ряда событий. Ряд интригующих инцидентов, которые лица 9 отдела постепенно соединяют почти мастерски. Кто - Кукольник? Что случится с отношениями Бато с Мотоко? Что в действительности стоит за этим тщательно

Перед тем, как исчезнуть навсегда, древняя цивилизация разбросала по миру наделенные огромной мощью артефакты, которые стали объектом охоты злых сил. Для защиты этого наследия в наши дни была создана секретная организация Аркам, управляемая отрядом элитных бойцов под названием Спригган. Их задача – предотвращать посягательства на древние тайны и сохранять баланс сил в мире. Вмешательство Сприггана стало необходимым, когда экспедиция ученых обнаружила в недрах горы Арарат Ноев ковчег, ставший объектом желания американского военного ведомства.