Главная героиня, Майор Мотоко Кусанаги, проживающая в мире, где технологии стали неотъемлемой частью жизни, сталкивается с новым вызовом. В год 2029 кибернетика достигла невиданных высот, позволяя людям усовершенствовать свои тела за счет замены конечностей на роботизированные протезы. Благодаря этим технологиям, люди могут стать быстрее, сильнее и даже иметь сверхъестественные способности. Майор Мотоко Кусанаги, работающая в 9-м отделе службы безопасности, сталкивается с задачей разгадать загадку таинственного хакера, известного как Кукловод.