Освободившись от своих обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги оказывается перед нелёгким выбором - научиться принимать приказы от Арамаки или идти в оппозицию. Тем временем, кто-то взламывает системы защиты госбезопасности, ставя под угрозу мир в целом. Чтобы предотвратить катастрофу, Бато обращается за помощью к бывшему офицеру военной разведки Исикаве и опытному эксперту по воздушной артиллерии Борме. Кусанаги, понимая всю серьёзность ситуации, собирает новый отряд 9-го отдела госбезопасности, в который входят снайпер Сайто и